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        可没想到几天过去，失踪的两人却突然又回来了，而且还跟事发生一样，甚至玛琪艾儿也完全忘记委托皮卡丘帮忙的事，非常奇怪。

        这些事让皮卡丘察觉到了异常，可惜不管怎么找都没有找到索，直到某天芙拉梅尔到来委托它调查MEGA进化时，提到了闪焰队的事。

        这一下子就让它打开了思绪，但它也知道了这个组织的强大，避自己暴露大侦探皮卡丘的身份，就将所有东西都放家里，独自前往调查。

        没想到这一查，竟发现了惊人的阴谋，它看到玛琪艾儿和柚丽嘉失忆的真相，因为前者可以方便监视国际警察，后者可以方便监视希特隆。

        于是她们就被选做了目标，并成为了E战斗服的实验对象，而玛琪艾儿那天逃离后，其实是先去了警局报桉，然后才来皮卡丘侦探事务所。

        但警局都是闪焰队的人，她当时离开时就被跟踪了，接着被库瑟洛斯奇用乌贼王抹去了那段记忆。

        而这也是为什么皮卡丘开始调查后，什么都没找到的原因，因为它那之后也被监视了……

        知道了这些，它潜入闪焰队基地，继续深入调查，最后地下试验场发现被装罐子里的破坏之茧和超梦，虽然非常震惊，但作为朋友的它第一时间就想着救对方出来。

        但没想到它打破罐子，准备唤醒对方的瞬间，闪焰队也发现了它，直接操控破坏之茧释放暗黑气场，就要将它生命夺走然后变成石头。

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