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整个秋季学期龙羽都随着新一东奔西跑的处理案件，丝毫没有察觉吉野绫花最近心事重重，她几次想向龙羽提出来，可是话到嘴边就又改了口。绫花知道自己舍不得这里的一切，整整4年相处，那种彼此信赖彼此相知的感情，早已潜移默化的影响到了她的身心。可天下没有不散的筵席，她马上就要大学毕业了。绫花接到家里的来信，知道有些事情自己必须去做，也是到了与龙羽分别的日子了。不过，在那之前，自己还有一件重要的事情要做，完成自己也是千钧嚷嚷了4年的心愿。
时间飞快流逝，1996年终於到来，龙羽已经17岁，时间依然在向前运行，人的生物锺却全部开始进入缓慢的停滞状态，而所有的人都毫无察觉，只有龙羽明显感觉到了这种影响巨大的变化，心中动荡不安。接下来的寒假，龙羽除了回到家里陪爷爷、父母和晓月外，就是与好友文良、普立、飞霄、立彬等进行聚会，到新庄家看望师祖，去天文台拜访那位老馆长和藤森香保留，约阿笠博士和月雅姊商谈了手机生产的问题，还谘询了博士网络的一些问题。
随着春季学期开学，大家正式进入高中二年级，新一出於案件原因考虑，与龙羽商量後二人双双退出足球队，而这时候的麻美学姐已经考入大学离开帝丹高中。晓月进入帝丹国中三年级，在大阪的千寻进入改方国中一年级，吉野绫花正式拿到了大学的毕业证。
这时候，剧情的齿轮已经完全启动了。新一决定尽快把小兰给推倒，於是问计於龙羽。龙羽恼怒，这是把我当za情顾问了，转而一想自己还不是谘询过两位妹妹。龙羽就给他制定了一套最简单的办法，先请小兰去游乐园玩，在这过程中找个适当的机会进行表白，小兰接受後，在回来时请小兰到工藤宅喝咖啡，如果小兰肯去，那就好办了，剩下的事情就是新一Ga0定她。等小兰这边彻底解决後，再考虑去大学找内田麻美，至於能否顺利实现新一的愿望，只能看天意了，所谓谋事在人成事在天。
几天後，目暮警官突然打电话过来请他们过去帮忙，新一和龙羽就知道目暮警官肯定碰到了棘手的案件。果然，等他们过去时，目暮警官介绍，八菱银行总经理山崎先生莫名奇妙Si在树老爷家的一间密室里面，这个树老爷今天举行了宴会，邀请了很多客人。老爷由於脚受伤，一直坐在轮椅上。管家、nV仆和下人们都忙着招呼这些客人，後来才发现山崎先生不见了，等找到时就已经遇害身亡了。
新一一听就明白了，这是典型的密室杀人案件，而且密室窗户下没有任何脚印。新一开始进行了周密的调查，很快就有了结论。“什麽？工藤老弟，你已经知道密室的手法了？”目暮很是吃惊，这个太快了点。新一自信满满，“凶手是利用了房间的楼檐结构，设法用了yAn台和绳子，进入密室作案。”目暮询问具T的手法，新一根据推理详细解释了凶手的手法，并且让目暮警官派手下调查yAn台的痕迹。
树老爷在旁边大吼大叫，扬言要目暮警官赶快停止调查，因为这影响到了他的客人们。目暮警官和气的推拒，询问新一是否凶手就在宴会上？新一给了肯定的答复，所有人吃惊起来，树老爷怒吼要将新一赶走。目暮满头汗，笑着问新一凶手到底是谁？新一拉风的伸出手，“在这段时间内能够自由活动而又不让人起疑的只有一位，凶手就是你。
大家惊讶的发现新一所指的凶手竟然是老爷，他当然拒绝承认。新一说，能把山崎先生骗到那间密室而又非常熟悉房屋结构的人只有这位老爷。大家都疑惑老爷的脚上有伤，怎麽能做出那麽多复杂的动作。目暮警官这时接到手下的报告，原来新一已经提前让人谘询了老爷的主治医生，他的脚上已经痊愈了。
老爷还Si不承认，新一冷笑，突然踢出足球击向老爷，老爷大急之下在大家惊讶下目光从轮椅上跳起来逃跑，刚跑到门口，他就看到了满天星星，然後华丽的倒在地上。龙羽像拖Si狗一样把他拖过来扔到了目暮警官面前，目暮警官正式将其逮捕。老爷杀Si山崎总经理的动机是私底下与山崎先生有金钱交易，後被法庭二罪俱罚，判处8年徒刑，新一和龙羽受到警视厅B级奖励。案件结束後，大家刚出门口，一大堆新闻记者就把工藤新一给包围了，在一片闪光灯下新一侃侃而谈，自信满满。自然把风头都让给新一，自己落在後面一言不发。由於新一凭借过人的推理能力，已经多次帮助警方破获大案，所以也被称为日本警察的救世主。目暮警官很赞赏新一，使劲拍他，新一郁闷，忍得很辛苦的。
在这个疯狂崇拜推理和高智商犯罪的世界，媒T一致赞誉新一和龙羽是平成年代的夏洛克福尔摩斯和华森医生，此时新一的名头已经远远超过原本的世界的状况，私底下已经有人认为工藤新一是日本第一的名侦探，至於龙羽自然被大家华丽的忽略了。在赶往警视厅做笔录时，龙羽突然发现外围出现了两个生命磁场非常不规则但很强大的人物，龙羽感叹终於来了啊，只有天化组织的超级战士才会有这种奇怪的生命磁场。龙羽谎称绫花让自己去帮她挑选内衣，在新一和目暮警官戏谑的眼光下匆匆开车离去。
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